Frédérique Bidard-Michelot, docteure en biochimie, biologie moléculaire et cellulaire (Université de Montpellier II), a consacré sa carrière à l’étude des microorganismes de type ascomycète (levures et champignons) avec des approches de génétique, de biologie moléculaire et de biologie systémique.
Elle a débuté sa carrière dans le domaine de l’œnologie au sein de l’UMR 1083 Sciences pour l’Œnologie. Ses recherches initiales portaient sur l’ingénierie génétique des levures utilisées dans la vinification, une spécialité qu’elle approfondira chez Lallemand SA, un acteur mondial des biotechnologies liées à la fermentation. Frédérique a poursuivi son parcours à l’international, d’abord en Chine, où elle a occupé un poste au service scientifique de l’Ambassade de France à Pékin et enseigné la génétique des levures à l’Université de Pékin (Beijing Daxue). Puis, à l’Université de Copenhague, au Danemark, où elle a travaillé sous la direction du Pr O. Nielsen, sur des problématiques fondamentales de biologie cellulaire, notamment l’étude des mécanismes de fusion cellulaire chez la levure Schizosaccharomyces pombe.
À son retour en France, elle s’est orientée vers le domaine de la biologie systémique à travers l’étude de la levure pathogène Candida albicans et des champignons filamenteux Podospora anserina et Trichoderma reesei. Ces travaux, menés dans divers laboratoires (UMR Microbiologie et Génétique Moléculaire, Centre INRAE de Versailles-Grignon & Institut de Génétique et Microbiologie, UMR8621, CNRS Université Paris 11 & Institut de Biologie de l'École Normale Supérieure).
Depuis 2012, Frédérique œuvre au sein du département Biotechnologie d’IFPEN. Son expertise se concentre principalement sur l’ingénierie génétique de Trichoderma reesei afin d’améliorer la production de cellulases, des enzymes essentielles dans les procédés industriels en utilisant sa maîtrise des données génomiques, transcriptomiques et épigénomiques.
- Développement d’outils intégratifs pour le traitement des données hétérogènes issues d’expérimentation de biologie systémique (projet en cours)
en collaboration avec le Département Contrôle Signal d’IFPEN et Système et l’équipe Réseaux Génomiques de l’Institut des Sciences des Plantes (Paris-Saclay) - Profilage des métabolites secondaires présents dans les secrétomes de souches de T. reesei (projet en cours)
en collaboration avec le Département Caractérisation des fluides et l’Institut Polytechnique de Paris (Palaiseau) - Etudes des régulations épigénétiques dans la production d’enzymes (2018-2022)
en collaboration avec le Département Contrôle Signal et Système & l’équipe Epigénomique et Développement des Champignons de l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (Université Paris Saclay, CNRS, CEA)
29 articles publiés dans des revues à comité de lecture
8 brevets
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Chan Ho Tong L, Jourdier E, Naquin D, Ben Chaabane F, Aouam T, Chartier G, Castro González I, Margeot A, Bidard F. Transgressive phenotypes from outbreeding between the Trichoderma reesei hyper producer RutC30 and a natural isolate. Microbiol Spectr. 2024 12:e0044124.
doi: 10.1128/spectrum.00441-24.
Jagtap S, Pirayre A, Bidard F, Duval L, Malliaros FD. BRANEnet: embedding multilayer networks for omics data integration. BMC Bioinformatics. 2022 Oct 17;23(1):429.
doi: 10.1186/s12859-022-04955-w.
Pirayre A, Duval L, Blugeon C, Firmo C, Perrin S, Jourdier E, Margeot A, Bidard F. Glucose-lactose mixture feeds in industry-like conditions: a gene regulatory network analysis on the hyperproducing Trichoderma reesei strain Rut-C30. BMC Genomics. 2020 Dec 10;21(1):885.
doi: 10.1186/s12864-020-07281-8.
Jourdier E, Baudry L, Poggi-Parodi D, Vicq Y, Koszul R, Margeot A, Marbouty M, Bidard F. Proximity ligation scaffolding and comparison of two Trichoderma reesei strains genomes. Biotechnol Biofuels. 2017 Jun 12;10:151. doi: 10.1186/s13068-017-0837-6.